Table 1 Best substitution models for each of 13 protein-coding genes, and comparison of phylogenetic topologies recovered by different mitochondrial datasets

ATP6

TrN + G

N

Y

Y

ATP8

TIM3 + I + G

N

N

Y

Cytb

TPM2uf + G

Y

Y

Y

COX1

TPM2uf + I + G

N

N

Y

COX2

HKY + G

N

N

Y

COX3

TIM2 + I

Y

N

Y

ND1

TIM2 + G

N

N

Y

ND2

TrN + I + G

N

N

Y

ND3

TrN + I

N

N

Y

ND4

TrN + I

Y

Y

Y

ND4L

TPM2uf + I

N

N

Y

ND5

TIM1 + G

Y

Y

Y

ND6

TIM3 + G

Y

Y

Y

12S rRNA

TPM2RF + I + G

N

N

Y

16S rRNA

TIM2 + G

N

N

Y

22 tRNAs

HKY + G

N

N

Y

Concatenated dataset

Y

Y

Y