Group | Sub-clade | Species | CNE alignment defined by genomic region: |
---|---|---|---|
All species | Â | Â | NR2F2 (H), SALL3 (H) |
 | Carnivora |  | FIGN (H), SHOX (L) |
 |  | A. melanoleuca | IRX1/2/4 (H) |
 |  | C. familiaris | IRX3/5/6 (L) |
 | Cetartiodactyla |  | BHLHB5 (H), DACH1 (H), FOXP1 (H), IRX1/2/4 (H), MAF (H), SOX3 (H), TFAP2A (H) |
 |  | B. taurus | NR2F1(H), POU3F3 (H), ZIC2 (H) |
 |  | T. truncatus | BARHL2 (H), BCL11A (H), FIGN (H), HMX2/3 (H), LHX1 (H), MEIS1 (H), MEIS2 (H), PAX2 (H), SHOX (L), SOX6 (H), SOX21 (H), TSHZ1(H) |
 | Chiroptera |  | SHH (H), TSHZ1 (H) |
 | Yinpterochiroptera |  | IRX1/2/4 (H) |
 | Echolocating Yinpterochiroptera |  | FOXP1 (H), HMX2/3 (H), SOX3 (H), SOX6 (H) |
 |  | M. lyra | BARHL2 (H), BCL11A (H), BHLHB5 (H), DACH1 (H), EMX2 (H), ESRRB (H), FIGN (H), IRX3/5/6 (H), MAF (H), MEIS1(H), MEIS2 (H), NR2F1 (H), TFAP2A (H), ZFHX1B (H), ZIC1 (H) |
 |  | R. ferrumequinum | NA |
 | Old World fruit bats |  | FIGN (H), IRX3/5/6 (H) |
 |  | E. helvum | NR2F1 (H) |
 |  | P. vampyrus | BCL11A (H), DLX1 (H), GLI3 (H), SOX3 (H), SOX6 (H) |
 | Yangochiroptera |  | BARHL2 (H), BHLHB5 (H), EMX2 (H), FIGN (H), FOXP1 (H), HMX2/3 (H), IRX3/5/6 (H), MEIS2 (H), SOX6 (H) |
 |  | P. parnellii | DACH1 (H), NR2F1 (H), POU3F3 (H), SOX2 (H), SOX3 (H), SOX21 (H), ZIC2 (H) |
 |  | M. lucifugus | BCL11A (H), DLX1 (H), ZFHX1B (H), ZIC1 (H) |