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Table 1 Shared gene pairs in prokaryotic genomes.

From: Genome trees constructed using five different approaches suggest new major bacterial clades

 

Aer

Sus

Arf

Pyh

Pya

Mej

Met

Has

Tha

Thv

Esc

Vic

Hai

Pam

Buc

Psa

Xyf

Nem

Cac

Mel

Rip

Hep

Caj

Bas

Bah

Lal

Sta

Stp

Myp

Myg

Urn

Myt

SyP

Der

Bob

Trp

Chp

Cht

Aqa

Thm

Aepre

495

298

263

207

241

123

172

238

212

227

198

61

102

112

138

209

93

92

146

219

53

87

116

190

200

128

149

96

55

54

51

164

82

172

66

64

63

65

75

148

Sulso

30

775

333

242

775

159

211

795

353

352

795

87

124

145

186

333

137

109

234

332

70

106

152

310

313

194

233

126

53

52

46

281

107

241

60

54

63

63

91

219

Arcfu

26

27

756

260

302

205

277

331

281

293

273

64

130

162

223

327

125

109

218

300

68

115

164

250

267

157

188

130

49

46

57

196

134

222

84

74

65

67

111

190

Pyrho

26

23

26

493

434

170

221

219

195

207

178

56

96

105

139

170

95

84

112

167

44

77

100

167

172

103

132

91

40

40

44

120

84

151

74

74

53

51

68

162

Pyrab

28

25

28

66

595

205

250

252

221

237

225

66

116

130

179

220

119

87

140

205

48

96

140

217

215

145

178

99

51

48

53

141

99

179

78

72

62

60

68

196

Metja

17

16

22

25

27

347

225

147

134

142

108

43

63

75

85

108

68

54

79

105

35

52

81

99

94

71

88

62

35

33

37

86

74

96

44

46

39

34

62

106

Metth

20

19

28

28

29

35

507

224

180

196

162

65

89

108

141

162

110

77

115

147

50

74

104

162

159

120

136

81

42

40

43

132

113

136

58

62

49

49

78

173

Halsp

24

24

29

22

24

16

22

705

270

274

252

75

135

159

220

335

129

123

245

334

74

112

155

284

284

180

222

142

70

63

65

236

142

260

91

84

67

68

86

168

Theac

23

34

25

21

22

16

19

25

611

494

238

67

102

108

156

285

102

98

198

273

68

103

122

234

229

147

181

102

46

45

40

213

95

197

53

57

60

62

75

147

Thevo

25

33

27

22

24

17

21

26

66

622

243

69

99

109

148

283

111

104

188

272

73

102

123

222

224

144

177

100

47

47

40

219

100

202

54

54

60

60

80

147

Escco

8

12

11

7

9

4

7

10

10

10

1953

415

700

826

1178

1368

634

491

734

1000

191

263

378

783

721

452

566

303

136

123

107

544

282

478

198

173

165

159

209

409

Vibch

6

7

5

6

6

5

7

6

6

6

20

447

241

274

362

346

262

216

196

214

113

122

145

213

206

125

177

91

84

81

73

186

83

134

112

100

99

97

101

176

Haein

8

8

8

7

8

5

6

9

7

7

32

22

875

684

648

632

358

335

343

418

135

172

231

359

347

273

331

216

105

99

108

252

136

236

140

116

132

126

113

241

Pasmu

7

8

9

7

8

5

7

9

6

6

37

22

54

1058

794

738

415

370

401

482

140

189

277

423

418

286

365

222

110

100

104

268

172

264

145

135

142

138

132

278

Bucsp

6

8

10

6

8

4

6

10

7

6

48

20

34

41

1650

1256

594

467

648

780

180

231

345

677

648

372

490

286

126

113

110

420

271

403

202

174

166

162

192

372

Pseae

8

12

11

6

8

4

6

12

10

10

47

14

24

28

46

2314

704

537

997

1297

224

268

397

926

849

447

589

330

135

126

122

691

380

624

220

184

181

179

248

419

Xylfa

7

9

8

7

8

5

8

8

7

7

28

24

25

27

30

28

877

345

461

471

154

175

217

375

355

227

297

162

84

82

85

312

178

271

134

118

125

128

154

239

Neime

8

7

8

7

7

5

6

9

8

8

22

23

26

76

24

21

27

703

332

383

151

178

238

306

300

193

233

157

85

85

79

258

138

225

105

117

123

120

128

192

Caucr

8

11

11

6

7

4

6

13

10

10

27

11

17

19

26

36

25

18

1417

1020

206

196

289

638

605

311

432

228

96

92

88

561

295

456

149

139

135

128

186

302

Meslo

9

13

12

7

8

4

6

14

12

11

34

9

17

19

27

43

20

16

43

1937

225

220

337

850

792

430

527

300

103

103

107

691

369

582

177

161

164

157

208

400

Ricpr

6

6

6

5

5

5

6

7

7

8

9

17

12

11

10

9

14

17

13

11

319

91

116

175

165

108

138

99

71

70

63

149

100

139

82

71

81

82

86

109

Helpy

10

9

10

9

10

7

8

11

11

11

12

16

15

14

12

10

15

19

12

10

14

407

250

203

217

147

183

113

76

73

88

172

100

171

110

105

90

89

131

162

Camje

11

12

13

10

13

9

10

13

11

11

17

16

18

20

18

15

17

22

16

15

14

33

592

329

312

202

240

134

81

77

80

239

177

232

113

118

100

94

150

222

Bacsu

9

13

11

8

10

4

7

13

10

10

26

10

15

17

24

29

16

14

25

29

9

10

16

1755

1234

615

931

486

178

175

164

621

284

530

223

197

162

154

186

473

Bacha

10

14

12

8

10

4

7

13

11

10

25

10

15

18

24

27

16

14

24

28

9

11

16

56

1646

575

869

460

173

166

166

594

282

522

213

193

158

149

191

491

Lacla

9

12

10

7

10

5

9

12

10

10

18

10

17

16

16

15

14

13

15

17

9

12

15

29

28

927

534

473

150

137

124

363

158

314

129

114

111

107

115

325

Staau

9

12

10

8

10

5

8

12

10

10

21

11

18

18

20

19

16

13

19

19

9

12

14

44

42

32

1254

434

182

169

169

480

215

395

170

140

160

146

141

384

Strpy

8

9

9

8

8

6

7

11

8

8

12

8

15

14

13

12

11

12

11

12

10

11

11

24

24

40

28

716

150

137

128

246

128

240

138

120

110

106

92

235

Mycpn

8

5

5

5

6

6

6

8

5

5

6

14

10

9

7

5

8

10

6

4

14

13

10

9

10

14

14

18

228

203

138

119

63

100

95

74

66

66

61

110

Mycge

8

5

5

6

6

6

5

7

5

6

6

14

10

8

6

5

8

10

6

5

15

13

10

9

9

13

13

17

87

208

133

118

62

97

93

72

67

67

62

109

Ureur

7

4

6

6

7

7

6

7

5

5

5

12

11

9

6

5

8

9

5

5

13

16

11

9

9

12

13

16

47

48

201

117

62

100

89

75

65

64

57

113

Myctu

10

16

11

7

8

5

8

14

13

13

20

12

13

13

17

24

17

15

27

28

10

12

15

26

26

20

24

14

9

9

9

1188

255

444

125

127

133

132

163

289

SynPC

7

8

10

8

8

8

11

12

8

8

12

8

10

11

13

14

13

11

16

16

11

10

17

13

14

11

12

10

8

8

8

16

620

255

76

83

72

69

140

165

Deira

13

15

14

11

12

7

9

18

13

14

19

10

14

14

17

23

16

15

23

24

11

13

17

23

24

19

21

16

8

8

9

25

18

998

136

118

124

122

156

269

Borbu

8

5

8

9

9

7

7

9

6

6

9

17

13

11

11

9

12

11

9

8

14

17

14

12

12

11

12

15

20

21

20

9

8

11

322

191

104

100

87

152

Trepa

8

5

7

10

8

7

8

9

6

6

8

15

10

10

9

7

11

13

8

7

12

17

15

10

10

10

9

13

15

16

17

9

9

9

43

312

94

94

93

161

Chlpn

9

6

6

7

7

6

6

7

7

7

8

16

13

12

9

7

12

14

8

8

16

15

13

8

9

10

11

12

15

16

16

10

8

10

21

19

267

245

75

123

Chltr

9

6

7

7

7

5

6

7

7

7

7

15

12

11

9

7

12

14

8

7

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Aquae

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Thema

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  1. The diagonal (bold) shows the total number of conserved gene pairs in each genome. The upper triangle of the matrix shows the raw number of gene pairs shared by each pair of genomes and the lower triangle shows the value of 100*Oij; Oij is the Jaquard coefficient calculated as Qij = Cij/(Ni+Nj-Cij) where Cij is the number of gene pairs shared by genomes i and j, and Ni and Nj are the total numbers of conserved gene pairs in genome pairs in genomes i and j, respectively [51].